Pelaksanaan pejaminan mutu di tingkat Program Studi dilakukan oleh Tim UJM dan diawasi oleh Sekretaris Jurusan selaku MR. Pelaksanaan jaminan mutu program studi dilakukan sejak tahun ajaran 2004/2005. Kegiatan ini dilakukan secara berkala setiap1 tahun sekali. Semua tenaga akademis dan administratif terlibat dalam aktivitas penilaian dan evaluasi ini. Hal tersebut tercantum dalam dokumen Manual Prosedur Audit internal (Kode Dokumen: MP.UJM-JMSP-FPIK-UB-11)
Dalam melaksanakan jegiatan penjaminan mutu jurusan, ketua dan sekretaris jurusan bertindak sebagai badan pertimbangan dan pengarah. UJM menjamin kinerja jurusan, secara internal diaudit oleh MR (Sekretaris Jurusan).
Secara External, UJM diaudit langsung oleh tim Fakultas (GJM) dan tim audit Universitas (tim PJM). Ketua jurusan, dengan melakukan banyak pertimbangan terhadap hasil dari aktivitas penjaminan mutu, melakukan tindakan-tindakan pemberian sanksi dan atau insentif. Tindakan ini dilakukan untuk menjaga peforma kinerja jurusan dan program studi.
Penjaminan mutu yang terkait dengan materi kuliah, soal ujian, penyusunan tugas akhir (skripsi) dilaksanakan melalui monev oleh tim dosen. Hasil monev disampaikan melalui rapat program studi kepada dosen pengampu mata kuliah (teamm teaching) untuk ditindaklanjuti.
Untuk melaksanakan penjaminan mutu di Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, maka dibentuk struktur fungsional organisasi penjaminan mutu yakni Unit Jaminan Mutu pada level jurusan MSP, yang berkoordinasi dengan Gugus Jaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas dan Pusat Jaminan Mutu (PJM). Struktur fungsional organisasi penjaminan mutu digambarkan dalam bagan alir sistem penjaminan mutu berikut: