Struktur organisasi Program Studi MSP mengacu pada struktur organisasi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UB
Dalam rangka pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya memiliki struktur organisasi dan personalia sebagai berikut:
Pimpinan Fakultas
| Dekan | : Prof. Dr. Ir. Happy Nursyam, M.S. |
| Wakil Dekan I | : Dr. Ir. Daduk Setyohadi, M.P. |
| Wakil Dekan II | : Dr. Ir. Arning Wilujeng Ekawati, M.S. |
| Wakil Dekan III | : Dr. Ir. Guntur, M.S. |
Pimpinan Jurusan Manajemen Sumberdaya Perikanan
| Ketua Jurusan | : Dr. Ir. Muhamad Firdaus, M.P. |
| Sekretaris Jurusan | : Dr. Yuni Kilawati, S.Pi., M.Si. |
Pimpinan Jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Kelautan
| Ketua Jurusan | : Dr. Eng. Abu Bakar Sambah, S.Pi., M.T. |
| Sekretaris Jurusan | : Feni Iranawati, S.Pi., M.Si., Ph.D. |
Pimpinan Jurusan Sosial Ekonomi Perikanan dan Kelautan
| Ketua Jurusan | : Dr. Ir. Edi Susilo, M.S. |
| Sekretaris Jurusan | : Erlinda Indrayani, S.Pi., M.Si. |
Pimpinan Program Studi
| Ketua Program Studi MSP | : Dr. Uun Yanuhar, S.Pi, M.Si. |
| Ketua Program Studi THP | : Rahmi Nurdiani, S.Pi., M.AppSc, Ph.D. |
| Ketua Program Studi AP | : Riski Agung Lestariadi, S.Pi., MBA, Ph.D. |
| Ketua Program Studi BP | : Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, M.P, D.Sc. |
| Ketua Program studi PSP | : Sunardi, S.T., M.T. |
| Ketua Program Studi IK | : Defri Yona, S.Pi, M.Sc Stud, D.Sc. |
Program Magister (S2)
| Ketua Program Magister | : Prof. Dr. Ir. Maftuch M.Si. |
Program Doktor (S3)
| Ketua Program Doktor | : Dr. Ir. Anik Martinah Hariati, M.Sc. |
Pimpinan Laboratorium
| 1. Lab. Hidrologi | : Dr. Ir. Umi Zakiyah, M.Si. |
| 2. Lab. Budidaya Ikan | : Dr. Yunita Maimunah, S.Pi., M.Sc. |
| 3. Lab. Ilmu Teknologi Hasil Perikanan | : Dr. Sc. Asep Awaludin Prihanto, S.Pi, M.P. |
| 4. Lab. Eksploitasi Sumberdaya Perikanan dan Kelautan | : Ir. Alfan Jauhari, M.Si. |
| 5. Lab. Eksplorasi Sumberdaya Perikanan dan Kelautan | : Nurin Hidayati, S.T., M.Sc. |
| 6. Lab. Sosial Ekonomi Perikanan | : Prof. Dr. Ir. Mimit Primyastanto, M.S. |
| 7. Laboratorium Lapang | |
| a) Perikanan Air Payau dan Laut, Probolinggo | : Dr. Ir. Muhammad Musa, M.S. |
| b) Perikanan Air Tawar, Sumberpasir | : Dr. Ir. Muhammad Mahmudi, M.S. |
| c) Marine Station, Sendangbiru | : Ir. Agus Tumulyadi, M.S. |
| d) Agribisnis Perikanan | : Zainal Abidin, S.Pi., M.P., M.B.A. |
Badan Pertimbangan Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat
(BPP)
| Ketua | : Ir. Sukandar, M.P. |
| Sekretaris | : Citra Satria Utami Dewi, S.Pi., M.Si. |
| Bidang Penelitian | : Dr. Ir. Dewa Gede Raka Wiadnya, M.Sc. |
| Bidang Pengabdian | : Dr. Ir. Yahya, M.P. |
| Bidang Kerjasama | : Dr. Ir. Anik Martinah Hariati, M.Sc. |
Badan Penerbitan Jurnal (Journal of Fisheries and Marine Research)
| Ketua | : Dr. Eng. Abu Bakar Sambah, S.Pi., M.T. |
Pengelola Sistem Infomasi dan Kehumasan (PSIK)
| Ketua | : Dhira Kurniawan, S.Kel., M.Sc. |
Pimpinan Tata Usaha
| Kepala Bagian Tata Usaha | : Jaedi, S.P., M.M. |
| Kepala Sub-bagian Umum | : Bayu Paripurna, S.E., M.M. |
| Kepala Sub-bagian Akademik | : Anik Afifah, S.Sos |
| Kepala Sub-bagian Keuangan dan Kepegawaian | : Heri Puryanto, A.Md. |
| Kepala Sub-bagian Kemahasiswaan | : Achmad Singgih Wiyono, S.H |